En el 2000 publican "Síndrome de Peter Pan" (Sony Music), producido por Carlos Jean y Arturo Soriano, con la participación de Alaska en forma de duetos. El disco aprovecha al máximo el talante tecnófilo y el potencial melódico del grupo con canciones que sirven lo mismo para escuchar o bailar.

"Lemondrama - El extraño caso de Tato^Gato y Mr^Fly" (2003), es su tercer disco con el que dan continuidad a una línea artística coherente con lo que han sido sus anteriores trabajos. Una producción llena de colaboraciones con el que ponen fin a una primera etapa que duró diez años.

Es a principios del 2006 cuando en Molécula se edita un recopilatorio con lo mejor de Lemon^Fly: Hasta el infinito y más alla, incluyendo lo mejor de cada disco, así como temas que no se habian editado hasta ahora y que eran parte del disco que nunca vio luz en formato físico.

Tras su paso por distintas formaciones: Electronikboy, Kassidy, Munich 72... Tato (letras y voz), Juanimisterfly (teclados y bajo) y Attikus (teclados y guitarra) unen de nuevo sus fuerzas y retoman el proyecto bajo el nombre que les representa.

Lemon^Fly estrena a finales del 2009 el primer single "Mi peor enemigo", adelanto del que será su nuevo disco "Subterfugios y Placebos" que verá la luz en los primeros meses de 2010. Será editado en España por Susurrando Discos y en México por Molécula Records.

En Julio de 2010 ve luz la edición mexicana de "Subterfugios y Pacebos" para acompañar el lanzamiento se regala el single " Mágico Verano" en descarga digital con remixes especiales. El sitio on line "Astredupop" mantiene el disco entre lo mas buscado, escuchado y vendido durante Julio y Agosto.